O mandato dos diretores é de quatro anos e coincide com o do chefe do Poder Executivo estadual.

Ao Poder Legislativo estadual cabe referendar as indicações feitas pelo governador de estado para o exercício do cargo de diretor, devendo a Assembleia Legislativa, em qualquer caso e independentemente do número de vezes que rejeitar os nomes enviados, fundamentar a recusa, cabendo, nesse caso, ao chefe do Poder Executivo estadual remeter novos nomes para o cargo para análise, não sendo possível nomeação para tal cargo sem prévia aprovação por aquele Poder Legislativo.

Ao diretor geral compete aplicar as penalidades decorrentes da inobservância ou transgressão de qualquer dispositivo legal ou contratual, bem como da inobservância ou transgressão de qualquer dispositivo legal referente aos atos administrativos, aos princípios administrativos, aos contratos provenientes de processos licitatórios e às atuações dos agentes públicos.

Os diretores poderão perder o mandato no caso de prática de atos lesivos ao interesse ou ao patrimônio público ou, ainda, nos demais casos previstos em lei, por meio de processo que lhes garanta amplo direito de defesa, não se aplicando, nesse caso, a disposição de ficarem, pelo prazo de um ano, vinculados à Agência ou prestando serviços em outros órgãos da administração pública estadual, mediante remuneração equivalente àquela do cargo de direção exercido.

Ao diretor geral compete remeter ao governador do estado e à Assembleia Legislativa, após aprovação da diretoria, relatórios semestrais de atividades da autarquia.