A contagem das células é realizada após a pipetagem de um pequeno volume da suspensão celular em uma lâmina de vidro especial denominada câmara de Neubauer. A parte central desta câmara é dividida em duas superfícies separadas, cada uma dividida em um grid composto por nove quadrados, cada um com 1mm de lado. Antes de se colocar a suspensão de células a parte central da câmara é coberta por uma lamínula, formando um espaço entre a câmara e a lamínula de 0,1mm. Logo o volume determinado para cada quadrado é igual a 0,1mm³ .

Com o objetivo de que sejam contadas somente as células viáveis em uma suspensão celular, antes de pipetar esta suspensão na câmara de Neubauer, esta é colocada em contato com uma solução de Azul de Tripan. Somente as células vivas excluem o corante vital azul de tripan, logo as células não viáveis poderão ser distinguidas das demais por apresentarem coloração azul.

O procedimento de contagem de células é equivalente tanto para células aderentes quanto para células cultivadas em suspensão, a única diferença é na preparação das células, enquanto as primeiras devem ser inicialmente tripsinisadas, as segundas devem ser somente homogeneizadas.

Após misturar-se volumes iguais de uma suspensão celular e de uma solução de azul de tripan a 1%, realizou-se a contagem de células nos quatro quadrados dos cantos do grid. Após a exclusão das células não viáveis, obteve-se um total de 150 células. Logo, a concentração destas células na suspensão original é 3,75 × 10⁵ células/mL.

Na contagem das células, pode-se utilizar o quadrado central ou os quatro quadrados dos cantos de 1 grid. Quando utilizar os quatro quadrados dos cantos, o valor da contagem deve ser a média das contagens de cada um dos quadrados.