Mensalmente, os diretores de secretarias das auditorias devem fornecer aos respectivos juízes-auditores a relação de inquéritos e demais processos que se encontrarem parados em suas respectivas secretarias.

Juiz-auditor pode afastar-se de suas funções para realizar cursos, a critério do STM, por um período de até dois anos, contando o tempo de afastamento como de efetivo exercício.

Os ministros civis do STM são substituídos por juiz-auditor corregedor, ou, na falta deste, por juiz-auditor sorteado pelo presidente do STM entre os cinco mais antigos.

A auditoria de correição é exercida, em cada circunscrição judiciária militar, pelo respectivo juiz-auditor mais antigo.

Oficial de carreira das Forças Armadas que sirva no estado do Maranhão pode compor conselho de justiça da 8.ª Circunscrição Judiciária Militar.

O oficial que se encontre na situação de agregado à respectiva Força Armada pode ser sorteado para compor conselhos de justiça pelo período máximo de um mês.

Os conselhos de justiça têm competência para decretar prisão preventiva de acusado.

Os juízes militares integrantes de conselho especial de justiça podem ser do mesmo posto, desde que tenham maior antiguidade que a do acusado.

Se um processo distribuído no STM estiver na fase relativa ao aguardo de inclusão em pauta para julgamento e surgir questão prejudicial a esse processo, a competência para resolvê-la será do respectivo relator.

Compete ao STM o julgamento dos feitos originários de conselho de justificação.