Entre as estruturas de bases de dados, as listas invertidas (ou arquivos invertidos) são muito usadas em bases bibliográficas por sua rapidez de acesso aos dados e por não ocuparem espaço adicional.

Um dos elementos importantes na criação de uma base de dados bibliográfica é a escolha do formato dos registros, que deve considerar a compatibilidade com o formato padrão de intercâmbio de registro, como o Z39.50.

O projetista do aplicativo cuida do projeto da base e da modelagem de dados, deixando as questões de armazenamento físico com o sistema gerenciador de base de dados (SGBD) que, por ser orientado a dados, cuida do armazenamento e da recuperação física dos dados.

São características desejáveis em uma base de dados: a máxima duplicidade de dados, a independência de dados e a previsão de todas as inter-relações de dados.

Segundo alguns autores, a biblioteca eletrônica pode ser visitada fisicamente pelo usuário, enquanto a biblioteca virtual não implica localização física, tanto para usuários quanto para a fonte de informação. Nesse caso, a biblioteca eletrônica pode ser oferecida pela biblioteca virtual, mas a recíproca não é verdadeira.

Os formatos PDF e Dublin Core, a linguagem HTML e os protocolos Z39.50 e FTP são padrões usados nas bibliotecas digitais.

A constante obsolescência de equipamentos e programas de computador é um dos problemas ligados à preservação da informação na biblioteca digital.

Uma das características da biblioteca digital é a existência de coleções de documentos correntes em que os textos completos — mas não as suas referências bibliográficas — podem ser acessados.

A utilização simultânea de um mesmo documento por uma ou mais pessoas e a utilização de vários suportes de registro da informação são características da biblioteca digital.

Para vários autores, a biblioteca digital também é conhecida como biblioteca eletrônica, biblioteca virtual, biblioteca sem paredes, biblioteca lógica e biblioteca conectada a uma rede.