O controle interno compreende a preservação do patrimônio público, o controle da execução das ações que integram os programas, bem como a observância às leis, aos regulamentos e às diretrizes estabelecidas, devendo ser exercido exclusivamente pela alta administração.

Sob o enfoque contábil, o controle interno compreende o conjunto de recursos, métodos, procedimentos e processos adotados pela entidade do setor público, para, entre outras finalidades, propiciar a obtenção de informação oportuna e adequada, e contribuir para a promoção da eficiência operacional da entidade.

A estrutura de controle interno da organização está sujeita a limitações que podem se originar de falhas no julgamento humano ou da presença de conluios entre pessoas que anulem os controles implementados.

Em razão do pressuposto do juiz natural, o órgão do Poder Judiciário deve afastar a ilegalidade imposta por agente público autoritário representante do Estado, independentemente de interesse ou petição do administrado.

O controle da execução orçamentária envolve a arrecadação de receita e os gastos públicos, assim como o surgimento e a extinção de obrigações.

Por meio do sistema de controle externo, o Poder Executivo exerce o controle da execução financeira, a avaliação da fidelidade funcional dos agentes públicos e a avaliação do cumprimento dos programas de trabalho.

O Tribunal de Contas da União julga as contas dos administradores e dos demais responsáveis por dinheiros, bens e valores públicos da administração direta e indireta da União, bem como as dos que derem causa a qualquer prejuízo ao erário na aplicação de valores públicos.

O Poder Legislativo, em razão da representatividade popular, exerce controle sobre a administração pública em geral.

Os tribunais de contas exercem controle concomitante e subsequente sobre os atos dos agentes da administração pública.

O controle realizado pelo Poder Legislativo limita-se ao controle parlamentar e político, sendo reservado ao Judiciário o controle da legalidade de atos administrativos.