O SCI deve avaliar o desempenho das unidades de auditoria interna das entidades da administração direta federal a fim de comprovar se estão estruturadas adequadamente, se realizam suas funções de acordo com os seus respectivos planos de trabalho e se observam as normas previstas no manual do sistema de controle interno do Poder Executivo federal.

Nos processos de tomada de contas especial, os órgãos do SCI seguem tanto as normas de controle elaboradas pelo próprio SCI quanto as normas emanadas do Tribunal de Contas da União (TCU).

Para comprovar a legalidade e a legitimidade dos atos e examinar os resultados quanto à economicidade, eficiência e eficácia da gestão orçamentária, financeira, patrimonial, de pessoal e demais sistemas administrativos e operacionais, o SCI avalia a gestão dos administradores públicos federais.

O SCI deve avaliar a execução dos orçamentos da União, a fim de comprovar se foi realizada de acordo com as destinações e os limites estabelecidos pela legislação.

Cabe ao SCI avaliar as aplicações das subvenções, a fim de avaliar o resultado da aplicação das transferências de recursos concedidas pela União às entidades, públicas e privadas, destinadas a cobrir despesas com a manutenção dessas entidades, de natureza autárquica ou não.

A aprovação do plano de trabalho é o primeiro passo para a celebração de convênio pelos órgãos ou entidades da administração pública. O plano de trabalho deverá conter as razões que justifiquem a celebração do convênio, a descrição do objeto a ser executado, as metas a serem atingidas e, quando envolver obras que exijam estudos ambientais, deverá conter também a licença ambiental prévia.

O MPU pode celebrar convênio para a execução descentralizada de programa de sua responsabilidade com transferência de recursos para instituição privada com fins lucrativos, desde que a entidade de direito privado não esteja em mora, inadimplente com outros convênios e não esteja em situação irregular para com a União ou com entidade da administração pública federal indireta.

O projeto de lei orçamentária será acompanhado de demonstrativo regionalizado do efeito, sobre as receitas e despesas, decorrente de isenções, anistias, remissões, subsídios e benefícios de natureza financeira, tributária e creditícia. Além disso, a LDO 2010 determina que a execução dos orçamentos fiscal e da seguridade social obedeça à diretriz de redução das desigualdades regionais, de gênero, raça e etnia.

A LDO determina que, junto com o relatório resumido da execução orçamentária, seja publicada a memória do cálculo das receitas desvinculadas por meio da desvinculação de recursos da União (DRU), que incide sobre as contribuições sociais exclusivas do orçamento da seguridade social.

O PPA, no Brasil, é uma demonstração da aplicação do sistema de planejamento, programação e orçamento (PPBS) inspirado no modelo norte-americano de orçamento público. Assim, na elaboração da lei orçamentária, a ênfase é dada às necessidades financeiras das unidades organizacionais.