Um dos principais objetivos da auditoria operacional é atestar a conformidade do funcionamento do órgão ou entidade à estratégia e às políticas e diretrizes que lhes foram estabelecidas.

Uma das atribuições de controle afetas ao TCE/RN é a realização de inspeções e auditorias de natureza contábil, orçamentária, financeira, patrimonial e operacional nas unidades e entidades que compõem as administrações municipais, por solicitação das respectivas câmaras municipais.

Quando são emitidos dois relatórios, um em forma longa e outro breve, o primeiro deve conter aquilo que, pela natural limitação, é omitido no relatório breve. Nesse caso, além da extensão e do maior detalhamento, o relatório em forma longa deve especificar as ressalvas que não cheguem a representar irregularidades.

A conveniência de flexibilidade no uso dos papéis de trabalho não é razão suficiente para impedir a administração que recomende a adoção de modelos gerais padronizados. Tais modelos possibilitam verificar o cumprimento dos programas estabelecidos e a pertinência e adequação das conclusões apresentadas.

A regra aplicável ao contador que exerce funções de auditor no serviço público, do mesmo modo que no setor privado, é manter sigilo sobre as informações que obtiver na entidade auditada. Isso não o isenta, todavia, de revelar fatos que possam produzir efeitos relevantes nas demonstrações contábeis, quando a lei o exigir, inclusive sob demanda do conselho regional de contabilidade.

A aplicação dos programas de auditoria permite identificar deficiências, que constituem os achados de auditoria. Nesse sentido, os servidores presumivelmente relacionados a esses achados não devem ser comunicados, para não influenciar o relatório que o auditor encaminhará aos responsáveis pela entidade.

Os procedimentos da amostragem por julgamento são largamente difundidos, ainda que possam ser considerados teoricamente falhos, por determinadas razões, entre as quais inclui-se a impossibilidade de os auditores estimarem quantitativamente o risco que assumem.

O objetivo primordial dos controles internos é a proteção do patrimônio da entidade. Desse modo, melhores controles internos permitem maior extensão e profundidade nos testes e plena segurança nas conclusões do auditor.

A auditoria governamental visa estabelecer a melhoria e a homogeneização dos procedimentos administrativos e dos controles internos das unidades da administração direta e indireta, daí resultando a padronização dos processos de licitação e dos contratos firmados com entidades privadas.

É necessário o encaminhamento ao TCE, pelo governador e prefeitos, de demonstrativos de aplicação de recursos nas ações e serviços públicos de saúde, semestralmente, para efeito de acompanhamento e verificação da aplicação do piso de recursos orçamentários e da composição das despesas efetuadas pelo estado e pelos municípios nessas ações e serviços.