Na auditoria hospitalar, devem ser verificados aspectos organizacionais, operacionais e financeiros, sempre com foco na qualidade da assistência prestada ao paciente.

Segundo parecer do CFM, não é atribuição do médico auditor executar perícia para autorização prévia de procedimentos.

O médico auditor, no cumprimento de suas atribuições, tem o dever ético de alertar o paciente sobre condutas que julgar indevidas, esclarecendo-o quanto aos possíveis riscos a que está sendo submetido.

Segundo o Conselho Federal de Medicina (CFM), a visita de médicos auditores à beira do leito do paciente deve ser realizada sempre na presença de um representante da instituição de saúde auditada.

O médico, quando designado para a função de auditor, deve apresentar-se ao diretor técnico ou substituto da unidade de saúde antes de submeter os pacientes internados à perícia médica.