O sangue do cordão umbilical somente pode ser utilizado como fonte de CTHs para transplantes autólogos, pois, em casos alogênicos, tal medida elicitaria a doença do enxerto contra hospedeiro (graft-versus-host disease), por causa da diversidade celular ali presente.

Utilizando-se técnicas de citometria de fluxo e cell sorting, é possível selecionar uma população enriquecida de CTHs com o uso do corante Hoechst 33342, ou, alternativamente, iodeto de propídeo.

A metodologia da citometria de fluxo, apesar do seu alto custo, de não analisar quantitativamente e da necessidade de técnicos especializados, permite uma análise rápida, eficiente e qualitativa de células em suspensão, tendo ampla aplicação na hematologia.

Uma das vantagens da citometria de fluxo em analisar células individualmente consiste na detecção de vários estados fisiológicos celulares intermediários que realmente existem em determinada população, descobrindo assim uma heterogeneidade nunca antes revelada.

As técnicas de citometria de fluxo têm sido utilizadas para determinar a contagem diferencial de células da medula óssea e a maturação de megacariócitos, quantificar a taxa de proliferação celular e detectar e diferenciar leucemias e síndromes mielodisplásicas.

Um procedimento padrão de detecção de patologias na citometria de fluxo pode ser descrito da seguinte maneira: as células que serão analisadas se acoplam a um fluorocromo, diretamente ou por meio de uma proteína, geralmente um anticorpo monoclonal que reconhece um epítopo específico da célula; posteriormente, as células suspensas em uma solução fisiológica são injetadas em um sistema de fluidos para serem expostas individualmente a um jato de luz focalizada (laser), o qual, ao chocar-se com cada célula, se desvia, sendo essa mudança de direção registrada por detectores especiais.

A amostra analisada em citometria de fluxo deve-se encontrar em forma de suspensão. Existem amostras que precisam de um mínimo de processamento, como o sangue periférico, a medula óssea, ou outros fluidos biológicos, enquanto tumores sólidos ou amostras parafinadas não podem ser analisados com esse método por necessitarem de degradação mecânica forte para garantir a suspensão.

Alguns tipos de fluorocromos utilizados na citometria de fluxo são a fluoresceína, a rodamina, Texas red, a hematoxilina, cianinas, a ficoeritrina e, mais recentemente, tem ocorrido o uso de sondas de DNA unidas a fluoresceína e os anticorpos antibromodeoxiuridina.

Os fluorocromos para citometria de fluxo oferecem um método sensível para obter informação acerca da estrutura, função e vitalidade das células. Fluorocromos de ligação covalente, devido a sua composição molecular especial, unem-se a determinados componentes celulares, enquanto os fluorocromos que não se ligam covalentemente são reativos e usados para marcar proteínas, lipídios ou outras moléculas biológicas. O fluorocromo mais empregado é a fluoresceína.

O citômetro de fluxo é um aparelho utilizado para avaliação da emissão de fluorescência das células. Alguns aparelhos são capazes de separar fisicamente as células, de acordo com as suas características morfológicas.