O protocolo de compensação para um corante do tipo in tandem ou RET (resonance energy transfer) pode ser o mesmo que aquele utilizado para compensação de dois corantes simples.

Ao se realizar a compensação entre dois corantes experimentalmente, é necessário utilizar, pelo menos, três concentrações distintas de cada corante, pois a quantidade de fluoróforo presente irá alterar a quantidade de sobreposição nos espectros de emissão.

A utilização de dois fluoróforos conjugados, por exemplo, ficoeritrina e cianina 5 não é possível para análises em citometria de fluxo.

Os lasers que podem ser utilizados para citometria de fluxo provêm dos gases argônio, hélio-neônio (mistura) e criptônio e podem emitir luz em comprimentos de onda que variam aproximadamente entre 360 nm a 560 nm.

Fluoresceína e Texas red possuem, respectivamente, as excitações máximas a 495 nm e 596 nm, e as emissões máximas a 520 nm e 570 nm.

A compensação é necessária quando são utilizados dois ou mais fluoróforos cujos espectros de emissão se sobrepõem parcialmente, independentemente de seus espectros de excitação.

O princípio do deslocamento de Stokes é a base para utilização de lasers e fluoróforos em citometria de fluxo.

Cell sorting por deflexão eletrostática depende do chamado break off point, ou seja, do ponto onde o fluxo passa a fluir gota a gota, porém independe da amplitude do transdutor.

Citômetros podem utilizar componentes mecânicos para realizar o cell sorting, como, por exemplo, braços mecânicos que se movem e coletam parte do fluxo, no caso de eventos positivos.

A utilização de EGTA no tampão de preparação de células a serem marcadas com indo-1 não é recomendada porque poderá influenciar o resultado da análise.