Sabe-se que o vírus do HIV apresenta alta taxa de mutação durante seu processo de replicação devido à ausência de atividade de correção da sua RNA polimerase. Em um contexto de pressão seletiva de antirretrovirais em doses insuficientes para inibição da replicação viral, o aparecimento de mutações de resistência é favorecido.
O exame de genotipagem viral é uma ferramenta para avaliação das mutações presentes no vírus, permitindo presunção da eficácia dos esquemas antiretrovirais baseados no conjunto de mutações apresentadas.
Segundo o Ministério da Saúde do Brasil, no contexto de Sistema Único de Saúde, a genotipagem pré-tratamento é indicada em alguns casos de recém diagnóstico do HIV, antes da instituição do tratamento, como, por exemplo, pessoas com