Os sistemas municipais de saúde apresentam níveis diferentes de complexidade, sendo comum estabelecimentos ou órgãos de saúde de um município atenderem usuários encaminhados por outro. Em vista disso, quando o serviço requerido para o atendimento da população estiver localizado em outro município, as negociações para tanto devem ser efetivadas, preferencialmente, entre os gestores municipais.

A gerência (comando) dos estabelecimentos ou órgãos de saúde de um município é da pessoa jurídica que opera o serviço, sejam estes estatais (federal, estadual ou municipal) ou privados.

O gestor do sistema municipal é responsável pelo controle, pela avaliação e pela auditoria dos prestadores de serviços de saúde (estatais ou privados) situados em seu município. No entanto, quando um gestor municipal julgar necessário uma avaliação específica ou auditagem de uma entidade que lhe presta serviços, localizada em outro município, recorre ao gestor estadual.

Os recursos destinados ao pagamento das diversas ações de atenção à saúde prestadas entre municípios são alocados, previamente, pelo gestor que demanda esses serviços, ao município sede do prestador. Este município incorpora os recursos ao seu teto financeiro.

Quando um município, que demanda serviços a outro, ampliar a sua própria capacidade resolutiva, pode requerer, ao gestor estadual, que a parte de recursos alocados no município vizinho seja realocada para o seu município.