As bactérias e as endotoxinas bacterianas contribuem na resposta fisiopatológica ao trauma. Excluindo-se alguns casos, a fonte mais importante de invasão sistêmica dos germes e de difusão de endotoxinas é o intestino. Uma situação que determina a perda da função da barreira entérica e uma condição que reduz a capacidade de defesa do trato gastrointestinal, respectivamente, são: