A captura, coleta e manejo de morcegos pode ser precedida sem prévia autorização de órgãos ambientais, desde que sejam executadas por profissionais habilitados.

O método de captura menos utilizado é o uso de redes de neblina (mist-nets), pois tem custo elevado, apesar de mais práticas.

A instalação de armadilhas “Harp trap” ou “armadilha tipo harpa” junto a saídas dos animais, é um dos melhores métodos para captura de morcegos em áreas urbanas, pois as armadilhas são facilmente posicionadas junto aos abrigos, bem como facilitam a retirada dos animais da bolsa de coleta com rapidez, evitando traumas físicos e stress do morcego.

“Gel repelente” é um produto químico atóxico que é aplicado junto aos pontos de repouso dos animais e é muito eficaz para controle de morcegos, sem configurar crime ambiental.

As “passarinheiras”, como o nome diz, impedem a entrada de aves nos telhados. Assim como os morcegos que, geralmente, utilizam como porta de entrada a cumeeira e laterais dos telhados, e utilizam os espaços onde são instaladas as “passarinheiras”. Esse método é recomendado para evitar a entrada desses mamíferos nos telhados.