Coloração de hematoxilina férrica identifica protozoários fecais.

Coloração de Gram é mais comumente utilizado no laboratório de microbiologia.

Tinta da china (ou Nankin) é um método de coloração para identificar espécies de fungos do gênero Cryptococcus.

Compreendem exames microcópicos diretos utilizados em laboratório de microbiologia clínica: preparações a fresco, KOH a 10% e coloração de Ziehl- Neelsen.

A especificidade e sensibilidade da coloração com anticorpo fluorescente direto é dada pelo número de organismos presentes.