A proposta orçamentária é matéria que exige a demarcação de diretrizes. Para tanto, é necessária a compatibilização dos diferentes ramos do MPU, na forma da lei de diretrizes orçamentárias.

O colégio de procuradores da República é integrado por todos os membros da carreira em atividade no Ministério Público Federal.

Em caso de reintegração de membro do MPU na carreira, ele deve ser ressarcido de apenas metade dos vencimentos e das vantagens que deixou de receber, não sendo contado o tempo de serviço referente ao afastamento para fins de aposentadoria.

A preservação da ordem pública, a independência funcional e a indisponibilidade da persecução penal são princípios institucionais do MPU.