Compete ao Conselho Superior do Ministério Público de Santa Catarina rever decisão de arquivamento de inquérito policial ou peças de informação determinada pelo Procurador-Geral de Justiça, nos casos de sua atribuição originária, e o arquivamento de inquérito civil ou de peças de informação.

De acordo com a Lei Orgânica do Ministério Público de Santa Catarina, compete ao Colégio de Procuradores de Justiça deliberar sobre proposta do Procurador-Geral de Justiça que exclua, inclua ou modifique as atribuições das Promotorias de Justiça. Entretanto, compete ao Procurador-Geral de Justiça dirimir os conflitos de atribuição entre os membros do Ministério Público de Santa Catarina.

No concurso de promoção por merecimento, o Conselho Superior do Ministério Público de Santa Catarina não examinará o nome dos demais escritos se houver três ou mais candidatos que tenham completado dois anos de exercício na respectiva entrância e estejam relacionados na primeira quinta parte da lista de antiguidade.

O princípio da independência funcional permite que cada membro do Ministério Público tenha inteira autonomia em sua atuação, ressalvado o dever de, no plano administrativo, acatar as decisões e atos normativos dos órgãos da Administração Superior do Ministério Público.

De acordo com a Lei Orgânica do Ministério Público de Santa Catarina, os afastamentos dos membros do Ministério Público para tratamento de saúde, por motivo de doença em pessoa da família, à gestante, paternidade, adoção, entre outros casos previstos em lei, somente ocorrerão após a expedição do competente ato do Procurador-Geral de Justiça.

No Ministério Público de Santa Catarina a apuração das infrações disciplinares praticadas pelos seus membros será feita mediante sindicância quando cabíveis as penas de advertência e de censura; processo administrativo sumário quando cabíveis as penas de suspensão inferior a quarenta e cinco dias; e, processo administrativo ordinário quando cabíveis as penas de suspensão de quarenta e cinco a noventa dias, de cassação da disponibilidade ou da aposentadoria e de demissão.

A vitaliciedade do membro do Ministério Público permite a perda do cargo em razão de sentença judicial transitada em julgado proferida em ação instaurada para essa finalidade; ação movida pela prática de ato de improbidade administrativa; ou, em decorrência de decisão prolatada em processo disciplinar pelo Conselho Nacional do Ministério Público, assegurada, em todos os casos, a ampla defesa.

Presidido pelo Procurador-Geral da República, o Conselho Nacional do Ministério Público é composto por quatro membros do Ministério Público Federal, três membros do Ministério Público Estadual, dois juízes, indicados um pelo Supremo Tribunal Federal e outro pelo Superior Tribunal de Justiça, dois advogados, indicados pelo Conselho Federal da Ordem dos Advogados do Brasil e dois cidadãos de notável saber jurídico e reputação ilibada, indicados um pela Câmara dos Deputados e outro pelo Senado Federal.

O Presidente da República nomeia o Procurador-Geral da República e o Procurador-Geral de Justiça do Ministério Público do Distrito Federal e Territórios. Por sua vez, o Procurador-Geral da República nomeia o Procurador-Geral da Justiça Militar e o Procurador-Geral do Trabalho.

Compete às Câmaras de Coordenação e Revisão decidir os conflitos de atribuição entre os órgãos do Ministério Público Federal.