A avaliação farmacêutica da prescrição, quanto à sua racionalidade, no que diz respeito à concentração, viabilidade e compatibilidade físico-química e farmacológica dos componentes, dose e via de administração, deve ser realizada pelo farmacêutico, antes do início da manipulação.

Caso exista suspeita de adulteração ou falsificação dos medicamentos disponíveis para dispensação, deve-se efetuar a imediata segregação desses medicamentos em ambiente seguro e em condições que garantam a identificação de que não se encontram em condições de uso ou comercialização.

A farmácia magistral deve proceder a qualificação do fabricante/fornecedor utilizando, no mínimo, os critérios de comprovação de regularidade perante a autoridade sanitária competente, de auditoria para verificação das Boas Práticas de Fabricação ou de Fracionamento e Distribuição de insumos, de avaliação do histórico de fornecimento anteriores, de realização de análises de controle de qualidade, feitas pela farmácia, e de avaliação dos laudos analíticos apresentados.

O monitoramento do processo de manipulação de formas farmacêuticas para uso interno de antiibióticos, hormônios e citostáticos deve ser executada pela farmácia através de uma análise completa de uma formulação manipulada a cada três meses.

A manipulação de medicamentos de baixo índice terapêutico deve ser realizada através do processo de diluição e homogeneização do ativo, por meio da metodologia de diluição geométrica, para evitar problemas na uniformidade do teor.

A atividade de antibióticos pode ser avaliada através do seu efeito inibitório sobre o crescimento bacteriano, e um dos métodos mais comumente utilizados é o de difusão em ágar, que relaciona o tamanho da zona de inibição de crescimento com a dose da substância analisada.

A manipulação magistral de medicamentos contendo citostáticos deve ser realizada em salas dedicadas exclusivamente a esse fim, dotadas de antecâmara, com sistemas de ar independentes e de eficiência comprovada.

Os excipientes utilizados na manipulação de produtos contendo substâncias de baixo índice terapêutico devem ser padronizados de acordo com a compatibilidade das formulações, descrita em compêndios oficiais, farmacopeias e publicações científicas indexadas.

A autoinspeção deve ser realizada a cada dois anos, pela farmácia magistral, para a avaliação do cumprimento das Boas Práticas de Manipulação em Farmácias, e suas conclusões devem servir de base para a implementação de ações corretivas, quando necessário.

As formas farmacêuticas sólidas manipuladas devem ser analisadas quanto à sua qualidade, através da realização dos ensaios: descrição, aspecto, caracteres organolépticos e peso médio.