O septo transverso e as membranas pleuroperitoneais se fundem com o mesentério dorsal do esôfago para a formação do diafragma. Os pilares do diafragma se formam originados pelos mioblastos que se desenvolvem no meso dorsal do esôfago. Um desenvolvimento anormal desses pilares pode explicar a ocorrência de hérnia do hiato esofágico.

Radiologicamente, o diagnóstico diferencial entre íleo meconial e atresia ileal não pode ser feito, uma vez que ocorre distensão de alças de delgado e níveis hidroaéreos na mesma proporção.

Crianças portadoras de enteropatia perdedora de proteína, com consequente hipoalbuminemia, associada a linfopenia e comprometimento da imunidade celular, e que apresentem tumor abdominal palpável, têm como diagnóstico principal o linfoma de Burkitt com crescimento na parede do intestino delgado, mais especificamente no íleo distal.

Em recém-nascidos com atresia jejunoileal do tipo apple-peel, o desenvolvimento de síndrome do intestino curto seguido ao tratamento cirúrgico é frequente. A presença da válvula ileocecal é fator determinante na readaptação intestinal desses pacientes, principalmente quanto à duração da terapia com nutrição parenteral total.

Radiografia simples de abdome demonstrando calcificações em recém-nascido com distensão abdominal é patognomônico de peritonite meconial devida a atresia jejunoileal com perfuração precoce intrauterina.

Estudos contrastados seriados do trato digestivo superior não apresentam especificidade ou sensibilidade para o diagnóstico de refluxo gastresofágico em crianças. Contudo, proveem detalhes anatômicos e podem ser úteis para descartar outras possíveis causas de vômitos frequentes, principalmente na estenose hipertrófica do piloro, sendo exames de rotina em lactentes vomitadores.

As atresias esofágicas bem como as fístulas traqueoesofágicas sem atresia correspondem a um complexo patológico determinado por herança genética autossômica de penetrância incompleta.

A incidência de infecções por micobactérias atípicas aumentou muito com a infecção pelo vírus da imunodeficiência adquirida (HIV). Em casos de crianças com pneumonias por micobacteriose atípica, portadoras do HIV, as lesões pulmonares deverão sempre ser ressecadas cirurgicamente.

Uma sequestração broncopulmonar extralobar pode apresentar comunicação com o trato digestivo, mais especificamente com o esôfago distal ou o estômago.

A malformação adenomatoide cística tem desenvolvimento semelhante à dos cistos pulmonares congênitos simples e cistos broncogênicos, caracterizados por desvio da segmentação brônquica e bronquiolar.