A prática clínica foca no diagnóstico e no tratamento individualizado das patologias clínicas, enquanto a institucional é desenvolvida em instituições de ensino, independentemente do seu foco.

A prática institucional ocorre somente em ambientes externos à escola (ONGs, hospitais, empresas, entre outros), e a prática clínica ocorre somente em clínicas especializadas e escolas.

Na modalidade clínica, o psicopedagogo busca compreender a subjetividade e a história particular do sujeito em relação à sua aprendizagem. Já na modalidade institucional, ele atua sobre a dinâmica das relações e os processos de ensino-aprendizagem do grupo ou sistema.

A prática clínica restringe-se ao acompanhamento educacional de alunos que já possuem laudo médico, realizando a mediação escolar conforme a prescrição. A prática institucional refere-se ao acompanhamento psicopedagógico realizado em diferentes instituições não escolares, independentemente do foco escolhido pelo profissional.