São diretrizes da PNM a centralização da gestão e a promoção do uso racional de medicamentos.

A decisão de aquisição centralizada deverá observar critérios, como a necessidade de garantir apresentações de formas farmacêuticas adequadas, considerando a sua utilização por grupos populacionais específicos.

É uma diretriz da PNM a utilização da Relação Nacional de Medicamentos Essenciais (RENAME), mas não como instrumento racionalizador das ações no âmbito da assistência farmacêutica.

Deixaram de ser diretrizes da PNM a Regulamentação Sanitária de Medicamentos e o Desenvolvimento Científico e Tecnológico.

Embora a promoção do uso de medicamentos seja uma diretriz da PNM, o desenvolvimento científico e tecnológico, e a promoção da produção de medicamentos são diretrizes apenas de outras políticas públicas do setor.