O ponto de saturação (plateau), pois reflete a concentração máxima de amplicons gerados quando os reagentes (dNTPs e polimerase) se tornam limitantes.

A temperatura de melting (Tm), que permite quantificar o DNA alvo com base na estabilidade térmica da dupla-fita, independentemente da eficiência da polimerase.

O uso de primers degenerados, que aumentam a sensibilidade da detecção ao permitir que a fluorescência seja emitida mesmo em variantes genéticas do alvo.

O nível de fluorescência basal medido nos primeiros ciclos, pois sua amplitude é diretamente proporcional à quantidade de fluoróforos que se ligam ao DNA molde original antes do início da fase exponencial.

O ciclo de quantificação (Cq ou Ct), que representa o ciclo em que a fluorescência excede o ruído de fundo (threshold), sendo inversamente proporcional ao logaritmo da concentração inicial do alvo.