A maioria dos indivíduos afetados possui genes que codificam o antígeno leucocitário humano (HLA) DQ2 ou DQ8, que promove o reconhecimento de peptídeos específicos do glúten por células T CD4+, sendo que, no Brasil, a maior prevalência é de indivíduos com HLA DQ8 positivo.

Entre as manifestações extraintestinais, a dermatite herpetiforme é uma doença crônica e recorrente, secundária ao glúten, cuja principal manifestação clínica é a ocorrência de rash papulovesicular pruriginoso. Caracteriza-se pela presença de depósitos de IgA no topo das papilas dérmicas e se manifesta principalmente na superfície flexora dos membros, nádegas e região clavicular.

O teste sorológico mais sensível e específico que pode ser solicitado nos pacientes com suspeita clínica é o anticorpo anti-gliardina IgA.

Pacientes com doenças autoimunes, como diabete melito tipo 1, tireoidite autoimune, deficiência seletiva de IgA, hepatite autoimune, cirrose biliar primária, colangite esclerosante, Síndrome de Sjögren, colestase autoimune e miocardite autoimune, devem ser rastreados sorologicamente.

O exame padrão-ouro para o diagnóstico da doença celíaca é a endoscopia com análise histológica de biópsias, estas devem ser colhidas em pelo menos seis fragmentos da mucosa intestinal, incluindo quatro fragmentos do bulbo duodenal e dois da segunda porção do duodeno.