O fracionamento somente será efetuado após apresentação da prescrição pelo usuário, sendo, portanto, vedado o fracionamento de Medicamentos Isentos de Prescrição.

A forma de escrituração de todas as operações relacionadas com o fracionamento de medicamentos ficará à critério do próprio estabelecimento, podendo ser manual ou eletrônica.

Em empresas com filiais, o fracionamento deve ser realizado na matriz sendo, posteriormente, enviado para a dispensação na filial.

O fracionamento de medicamentos sujeitos a controle especial, regidos pela Portaria n.º 344/98, é permitido desde que sejam asseguradas as condições adequadas de segurança, qualidade e eficácia do produto.