É constituída (em nível federal) paritariamente por representantes do Ministério da Saúde (MS), do Conselho Nacional de Secretários de Saúde (Conass) e do Conselho Nacional de Secretários Municipais de Saúde (Conasems). Nesta comissão são definidas diretrizes estratégicas, programas, projetos e alocações de recursos do SUS: