A auditoria operacional se concentra na verificação da estrita aderência formal dos atos administrativos às normas vigentes, razão pela qual seu produto típico consiste na declaração de regularidade documental dos procedimentos examinados.

A auditoria de conformidade e a auditoria operacional se distinguem, entre outros aspectos, porque a primeira enfatiza a aderência a critérios normativos e procedimentais, ao passo que a segunda examina desempenho, economicidade, eficiência, eficácia e efetividade da atuação administrativa.

A auditoria fiscal, por se destinar à apuração de obrigações tributárias específicas, desenvolve-se fora do campo das normas de auditoria do setor público, submetendo-se apenas à lógica arrecadatória própria da Administração Tributária.

A integração entre controle interno e externo elimina a autonomia funcional de cada instância de fiscalização, de modo que os achados produzidos por uma delas vinculam integralmente a outra quanto à metodologia, às conclusões e às recomendações emitidas.

As normas de auditoria do setor público uniformizam integralmente objeto, escopo e produto de todas as modalidades de auditoria governamental, impedindo que a Administração ajuste procedimentos conforme a natureza do controle realizado.