as Agências Executivas podem inovar na ordem jurídica, criando direitos e obrigações por meio de resoluções, ao passo que as Agências Reguladoras possuem apenas competência para executar as leis, sem poder regulamentar os setores sob sua jurisdição.

ambas são qualificadas por meio de um Contrato de Gestão celebrado com o Ministério supervisor, mas apenas as Agências Reguladoras, por exercerem poder de polícia, possuem mandatos fixos para seus dirigentes, enquanto os dirigentes das Agências Executivas são de livre nomeação e exoneração (ad nutum).

as Agências Executivas são autarquias de regime especial criadas por lei para fiscalizar e normatizar setores da economia, enquanto as Agências Reguladoras são órgãos da administração direta, sem personalidade jurídica própria, que recebem maior autonomia orçamentária para executar projetos específicos.

enquanto as Agências Reguladoras são autarquias de regime especial, caracterizadas por uma acentuada independência funcional e decisória frente ao Poder Executivo, as Agências Executivas são autarquias ou fundações preexistentes que, recebem uma autonomia gerencial ampliada, mas permanecem hierarquicamente vinculadas ao Ministério supervisor.

as Agências Reguladoras são sempre empresas públicas ou sociedades de economia mista que atuam em regime de concorrência, e sua autonomia decorre de sua natureza privada, enquanto as Agências Executivas são autarquias comuns que, por celebrarem Contrato de Gestão, passam a ter independência absoluta e não se submetem a qualquer tipo de controle pelo Poder Executivo.