Conforme a independência funcional, os defensores públicos atuam livremente no desempenho de suas funções institucionais, devendo obedecer apenas à lei, às suas consciências e às determinações do Poder Executivo.

A independência funcional é violada pela teoria da uniformização de entendimentos ou pela fixação de teses institucionais, não se podendo falar em “eficácia positiva do enunciado”.

Apesar de ambos serem constitucionalmente previstos, unidade e independência funcional são princípios incompatíveis entre si.

O defensor público não pode utilizar a independência funcional com a pretensão de justificar recusa de atuação decorrente de objeção de consciência.