O controle interno tem, dentre suas finalidades, a função de exercer o controle das operações de crédito, avais e garantias, bem como dos direitos e haveres do ente federativo.

Garantir o cumprimento das metas previstas na Lei Orçamentária Anual e garantir a legalidade na execução dos programas de governo e dos orçamentos são atribuições do controle interno.

Cabe ao controle interno comprovar a legalidade e avaliar os resultados quanto à eficácia e à eficiência da gestão orçamentária, financeira e patrimonial nos órgãos e entidades da Administração Pública.

No apoio ao controle externo, os órgãos integrantes do sistema de controle interno deverão realizar auditorias nas contas dos responsáveis sob seu controle, emitindo relatório, certificado de auditoria e parecer.

Alertar formalmente a autoridade administrativa competente para que instaure tomada de contas especial, sempre que tiver conhecimento de omissão no dever de prestar contas; da não comprovação da legal aplicação dos recursos repassados pela União e da ocorrência de desfalque ou desvio de dinheiros, bens ou valores públicos, é atribuição do controle interno no apoio ao controle externo.