Agentes anti-histamínicos de segunda geração apresentam uma menor lipossolubilidade quando comparados aos anti-histamínicos de primeira geração e, portanto, não atravessam a barreira hematoencefálica tão facilmente. Sendo assim, a segunda geração de anti-histamínicos não é tão sedativa, entretanto, como ambos se ligam ao receptor de histamina H1, tais agentes apresentam a mesma: