Para o adequado tratamento deve-se levar em conta os aspectos clínicos e radiológicos, sem necessidade de exame micológico.

Para o diagnóstico de aspergilose provada ou confirmada é necessária a biópsia do sítio afetado, demonstrando invasão fúngica ou cultura com Aspergillus de sítio estéril (LCR, líquido ascítico, líquido pleural).

Para os critérios clínico-radiológicos é necessária a presença do sinal do halo, sinal do ar crescente ou cavitação para o diagnóstico.

Quanto ao hospedeiro, neutropenia < 500 células, independentemente do tempo pode ser critério de diagnóstico.

Um teste indireto para o diagnóstico de API é o antígeno galactomanana que pode ser valorizado quando a análise mostrar um resultado positivo em qualquer líquido (plasma, soro, LBA ou LCR).