Na Central de Abastecimento Farmacêutico, não devem ser estocados medicamentos sujeitos a controle especial, pois eles precisam ser armazenados com segurança, em áreas isoladas, preferencialmente em armários fechados na dispensação.

No armazenamento, deve-se utilizar áreas distantes e altas para medicamentos mais pesados de volume e rotatividade maiores, e locais próximos à área de expedição para itens fáceis de serem manuseados.

Quando não exigirem condições especiais de temperatura e umidade para o armazenamento, os medicamentos para ensaios clínicos devem ficar armazenados em área para acondicionamento de especialidades farmacêuticas e de outros produtos.

Para o armazenamento de produtos termolábeis, podem ser utilizadas as câmaras frias (permitem temperaturas entre 8 e 15 ºC), os refrigeradores (temperaturas entre 2 e 8 ºC) e os freezers (temperaturas entre -20 e -10 ºC).

A realização dos inventários deve ocorrer com uma periodicidade anual ou semestral, pois ela envolve uma carga horária extensa e uma grande quantidade de recursos humanos.