É no período paroxístico que costumam surgir as complicações da coqueluche.

Em lactentes menores de três meses, a fase catarral dura em geral apenas alguns dias ou simplesmente não reconhecida quando se apresenta como crise de apneia.

Na fase paroxística, é comum aparecimento de febre, mesmo sem o aparecimento de complicações.

Em lactentes, a tosse e os guinchos podem torna-se mais ruidosos e mais clássicos na fase convalescente.