Em pacientes cuja bacteriúria não regride após terapia antimicrobiana apropriada ou que apresentam rápida recorrência da infecção, anormalidades que permitem a persistência bacteriana devem ser procuradas. Apesar de incomuns, é importante identificar as causas de persistência, pois podem representar anormalidades urológicas. São anormalidades urológicas adquiridas ou congênitas que podem causar ITUs não resolvidas ou recorrentes: