Sua gestão implica a obrigação de os sistemas de gerenciamento promoverem diferentes diretrizes para a coleta de dados, no caso de aquíferos, subjacentes a duas ou mais bacias hidrográficas.

Os Comitês de Bacia Hidrográfica envolvidos deverão buscar o intercâmbio e a sistematização dos dados gerados para a perfeita caracterização da bacia hidrográfica.

Há necessidade de adoção de um rol de procedimentos administrativos variados para atendimento das outorgas do direito de uso de recursos hídricos.

No caso dos aquíferos transfonteiriços ou subjacentes a duas ou mais unidades da federação, caberá aos Comitês de Bacias Hidrográficas a promoção da integração dos diferentes órgãos dos governos federal e municipais, competentes para o gerenciamento das águas superficiais.

A aplicação dos instrumentos da Política Nacional de Recursos Hídricos se dará com base nas disposições previstas na Lei n° 9.433/97 (Lei da Política Nacional de Recursos Hídricos) e legislação estadual, na hipótese dos aquíferos transfonteiriços.