A gerência e a administração da Agência serão exercidas por uma Diretoria Colegiada, composta por até três membros.

Compete à Diretoria Colegiada editar normas sobre matérias de competência da Agência, que devem ser acompanhadas de justificativas técnicas e, sempre que possível, de estudos de impacto econômico e técnico no setor regulado e de impacto na saúde pública, dispensada essa exigência nos casos de grave risco à saúde pública.

Dos atos praticados pela Agência caberá recurso à Diretoria Colegiada, com efeito suspensivo, como última instância administrativa no prazo de trinta dias, contados a partir da publicação oficial da decisão recorrida.

Compete ao Diretor-Presidente decidir ad referendum da Diretoria Colegiada as questões de urgência.