A ilha abriga o Parque Nacional do Araguaia, cuja fiscalização é da Fundação Nacional do Índio (FUNAI), pois preserva as condições ambientais associadas à cultura indígena, gerando uma tensão com o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente (IBAMA).

As principais etnias indígenas presentes na ilha, os AváCanoeiros, os Javaé e os Karajás, lutam pela integridade do território que ocupam, exigindo participar da gestão dos recursos gerados pelo uso da rodovia Transbananal.

A retirada massiva de água do Javaés, para o controle de poeira gerada pela extração de minério nas adjacências, acelera o processo de assoreamento do rio e impacta as dimensões da ilha, alimentando os protestos de ambientalistas.

A biodiversidade da Ilha do Bananal deve-se à sua localização em uma área de transição entre a Floresta Amazônica, a Caatinga e o Pantanal, motivo pelo qual ativistas reivindicam o ingresso dessa região na Amazônia Legal, contrariando o posicionamento da agroindústria.

Indigenistas e ambientalistas denunciam a ameaça à integridade física e cultural dos povos originários representada pela penetração de criadores de gado, com arrendamento de pastos, queimadas e instalação de retiros.