O sistema de controle interno não possui por finalidade avaliar o cumprimento das metas fixadas no plano plurianual.

Em função da ideia de democracia participativa, conceitua-se como controle interno a avaliação feita pela sociedade sobre a conformidade ou não de determinada postura com o ordenamento jurídico.

O controle interno, por se realizar dentro do mesmo Poder, pode abarcar tanto aspectos de legalidade formal do ato como de reavaliação de mérito administrativo.

O controle interno é exercido exclusivamente pelo Poder Executivo, porquanto os Poderes Legislativo e Judicial possuem, exclusivamente, atribuições legislativas e jurisdicionais.

Em razão do princípio da separação dos poderes, o controle interno não possui por dever apoiar o controle externo no exercício de sua missão institucional.