As agências reguladoras são fundações públicas que possuem dirigentes com mandato fixo, nomeados por ato simples do Chefe do Poder Executivo.

As agências reguladoras, embora possuam alto grau de autonomia, não gozam do poder de regulação, razão pela qual não possuem competência para a edição de normas gerais e abstratas.

Os ex-dirigentes das agências reguladoras ficam impedidos de exercer atividade ou de prestar qualquer serviço no setor regulado pela respectiva agência, por período de 6 (seis) meses, contados da exoneração ou do término de seu mandato, sem fazer jus à remuneração compensatória.

No plano federal, as decisões das agências reguladoras que ultrapassem os limites de suas competências legais ou regulamentares estão sujeitas à revisão ministerial, que pode iniciar de ofício ou por provocação dos interessados.

Os dirigentes das agências reguladoras, por ocuparem cargo em comissão, podem ser exonerados ad nutum.