Os procedimentos cirúrgicos normalmente utilizados incluem técnicas de ressecção ampla com margens livre de doença.

A continuação do tratamento clínico ineficaz aumenta os riscos de desenvolvimento de complicações com necessidade de novas intervenções.

A abordagem laparoscópica é contraindicada devido ao intenso processo inflamatório que envolve os casos.

Na abordagem perineal deve-se evitar a colocação de seton, pois aumentam a taxa de abscesso local.

É contraindicado a realização de cirurgias nos pacientes em uso de biológicos (anti-TNF).