A remoção ou permuta de juízes dos TRFs, bem como a determinação de sua jurisdição e sede, será disciplinada por resolução do Conselho da Justiça Federal.

Aos juízes federais compete processar e julgar os crimes praticados por índios, tanto em caso de crimes comuns quanto de crimes que envolvam disputa sobre direitos indígenas.

No âmbito da justiça federal comum, cada unidade da Federação deve constituir uma seção judiciária com sede na respectiva capital; a localização das varas federais deve ser estabelecida em lei ordinária.

Cabe ao Conselho da Justiça Federal, ainda que suas decisões não tenham caráter vinculante, exercer a supervisão administrativa da justiça federal de primeiro e segundo graus, com poderes correcionais.

Conforme o disposto na CF, as competências da justiça federal de primeira instância são fixadas apenas em razão da matéria.