A Superintendência-Geral é dirigida por um Superintendente-Geral e por dois Superintendentes-Adjuntos, nomeados pelo Presidente da República para mandato de quatro anos, permitida uma recondução.

O Departamento de Estudos Econômicos é dirigido por Economista-Chefe, nomeado pelo Presidente da República dentre economistas de notório saber, para mandato de quatro anos.

A Procuradoria Federal junto ao CADE integra a estrutura do Tribunal Administrativo de Defesa Econômica, subordinando-se hierárquica e funcionalmente ao Presidente do Tribunal.

O Tribunal Administrativo de Defesa Econômica é composto por um Presidente e seis Conselheiros, escolhidos dentre cidadãos com mais de 30 anos de idade, de notório saber jurídico ou econômico e de reputação ilibada, nomeados pelo Presidente da República, depois de aprovados pelo Senado Federal, para mandato de quatro anos, vedada a recondução.

No exercício de suas atribuições judicantes, o CADE sujeita-se a recurso hierárquico impróprio dirigido ao Ministro da Justiça, quanto às decisões proferidas pelo Tribunal Administrativo de Defesa Econômica.