É uma doença inflamatória que acomete todas as paredes do trato digestivo de maneira descontínua. Pode estender-se até mesentério e linfonodos, podendo manifestar-se clinicamente com um quadro de diarreia sanguinolenta.

Ao exame, a criança deve estar sem roupa, para que a pele seja examinada detalhadamente. As aftas orais devem ser pesquisadas, e a mobilidade articular também precisa ser analisada, na procura de comprometimento articular

Em decorrência do comprometimento da mucosa cólica e retal surge diarreia com muco e sangue e, às vezes, pus. A alteração da motilidade com desaparecimento das haustrações, a redução do calibre e do comprimento do colo pelo processo inflamatório agravam a diarreia e desencadeiam cólicas e tenesmo

Provoca lesões palpáveis na pele, que podem ser elevadas ou deprimidas, se comparadas à superfície cutânea.