Os procedimentos operatórios para a palatoplastia são muito variados, visto que cada fissura é única. Elas variam em largura, extensão, quantidade de tecidos moles e duros disponíveis e extensão do palato.

A palatoplastia deve ser realizada, obrigatoriamente, em um único tempo operatório, sendo feito inicialmente o fechamento do palato duro e a posterior o fechamento do palato mole.

O objetivo geral da cirurgia é fechar o palato duro com os tecidos moles adjacentes à fissura. Assim, descrevendo ao longo de um procedimento operatório as variadas características da fissura a qual o cirurgião pode-se defrontar e relacionada a estas particularidades, as várias técnicas que ele pode estar utilizando.

O paciente é colocado na posição de Trendelenburg ou Rose. A cabeça fica hiperextendida, prendendo-se os pés com laçadas de faixa de crepom que passa pela extremidade da mesa operatória e são fixadas sobre ela. Essa imobilização impede que o paciente escorregue em direção cefálica.