As exigências dos microrganismos em nutrientes determinam seus respectivos nichos na rede de alimentos dos ecossistemas maiores. Os nutrientes são transportados para o interior dos microrganismos por dois tipos de processos: os que exigem gasto de energia e os que ocorrem passivamente. O tamanho molecular e a concentração do nutriente determinam o método de transporte a ser utilizado. No que concerne às necessidades nutricionais, dentre os grupos de microrganismos, as bactérias Gram-positivas são as mais exigentes, seguidas em ordem decrescente.