Os sintomas da Doença do Refluxo Gastresofágico (DRGE) e da Esofagite Eosinofílica (EoE) são diferentes, principalmente em lactentes e pré-escolares, o que torna o diagnóstico diferencial entre as duas doenças um desafio. O tratamento para EoE não melhora a DRGE, e o tratamento da DRGE nunca melhora os sintomas da EoE

O diagnóstico é realizado através dos aspectos clínicos, juntamente com os exames complementares, já que a EoE é uma comorbidade clínica patológica cujo diagnóstico depende da contagem de eosinófilos aumentados nas biópsias esofágicas

O uso de corticoide sistêmico como prednisolona, ao invés dos deglutidos, como a budesonida, é a primeira escolha no tratamento da EoE de crianças

O uso de domperidona no tratamento da DRGE em crianças pode desencadear efeitos colaterais cardiovasculares, como encurtamento do intervalo QT e arritmias atriais

O tratamento da esofagite erosiva tem três pilares principais: medicamentos (inibidores de ácido e corticoides tópicos), dieta de eliminação de algum alimento causador da alergia e dilatações esofágicas, quando necessário. O objetivo do tratamento é a melhora clínica, a melhora no aspecto da endoscopia e a diminuição no número de eosinófilos no esôfago, para impedir a progressão da doença