A Auditoria de programa objetiva emitir opinião com vista a certificar a regularidade das contas, verificar a execução de contratos, convênios, acordos ou ajustes, a probidade na aplicação dos dinheiros públicos e na guarda ou administração de valores e outros bens.

A Auditoria operacional tem a finalidade de emitir uma opinião sobre a gestão quanto aos aspectos da eficiência, eficácia e economicidade.

A Auditoria de Gestão objetiva obter elementos comprobatórios suficientes que permitam opinar se os registros contábeis foram efetuados de acordo com os princípios fundamentais de contabilidade e se as demonstrações deles originárias refletem, adequadamente, em seus aspectos mais relevantes, a situação econômico-financeira do patrimônio.

Auditoria Especial objetiva assegurar a adequação, privacidade dos dados e informação oriundas dos sistemas eletrônicos de processamento de dados, observando as diretrizes estabelecidas e a legislação específica.

Auditoria de Sistemas, realizada ao longo dos processos de gestão, objetiva se atuar em tempo real sobre os atos efetivos e os efeitos potenciais positivos e negativos de uma unidade ou entidade federal, evidenciando melhorias e economias existentes no processo ou prevenindo gargalos ao desempenho da sua missão institucional.