O duodenoscópio merece especial atenção, pois está relacionado à maior dificuldade de limpeza pela presença de óptica em sua lateral.

O adequado reprocessamento do tubo não dispensa nova limpeza antes do primeiro uso no dia seguinte ao do armazenamento do aparelho.

A limpeza mecânica é capaz de retirar mais de 90% de microrganismos.

As reprocessadoras devem ser exclusivas para endoscopia alta, não sendo permitido o uso da mesma reprocessadora para colonoscópios.

O enxague do tubo de endoscopia após o reprocessamento deve ser realizado somente com água destilada.