Cirurgias de remoção de foco epileptogênico e calosotomia são os principais tipos de procedimentos cirúrgicos, porém apresentam taxa de sucesso em torno de 5%, não sendo indicadas sobretudo na epilepsia parcial do lobo temporal.

Esclerose tuberosa, síndrome de Sturge-Weber e lesões isquêmicas congênitas unilaterais são condições que não podem ser tratadas cirurgicamente.

A cirurgia pode ser considerada se as crises forem originárias de uma região que pode ser removida, mesmo que apresente alto risco de causar alguma disfunção neurológica ou cognitiva.

Em algumas situações, como epilepsia do lobo temporal com esclerose hipocampal, hamartoma hipotalâmico e tumores glioneurais, o prognóstico do tratamento cirúrgico é mais favorável que o prognóstico do tratamento medicamentoso.