Alguns pacientes não apresentam lesões facilmente visíveis na pele, e podem ter lesões apenas nos nervos (hanseníase primariamente neural), ou as lesões podem se tornar visíveis somente após iniciado o tratamento.

As reações hansênicas são fenômenos de aumento da atividade da doença, com piora clínica que podem ocorrer de forma aguda antes, durante ou após o final do tratamento com a poliquimioterapia.

O diagnóstico é essencialmente clínico e epidemiológico, realizado por meio da análise da história e condições de vida do paciente, além do exame dermatoneurológico para identificar lesões ou áreas de pele com alteração de sensibilidade e/ou comprometimento de nervos periféricos, com alterações sensitivas e/ ou motoras e/ou autonômicas.

O exame de todos os contatos tem como objetivo o diagnóstico na fase inicial da doença, visando quebrar a cadeia de transmissão e evitar sequelas resultantes do diagnóstico tardio e da falta de acompanhamento adequado.

O resultado positivo de uma baciloscopia classifica o caso como Multibacilar (MB). O resultado negativo exclui o diagnóstico clínico da hanseníase ou classifica o doente obrigatoriamente como Paucibacilar (PB).